Gmina Nielisz położona jest na  północno - zachodniej części Kotliny Zamojskiej (Padołu Zamojskiego),  która to tworzy rozległe obniżenie  odwadniane przez rzeki Por, Wieprz, Łabuńkę.  Cechą charakterystyczną  Padołu Zamojskiego jest  występowanie największego  w Polsce  średniego usłonecznienia -  około 50%  dni słonecznych w roku oraz duże połacie lasów.